Vergi Usul Kanunda suç ve cezalarla ilgili ortak kurallar öngörülmüştür. Bunlar, pişmanlık (VUK. 371 Md.), Cezada İndirim (VUK.376 Md.), Yanılma (VUK. 369 Md.), Mücbir Neden (VUK. 373), Suçların veya Cezaların Birleşmesi (VUK. 335, 336, 337 Md.), Tekerrür (VUK. 339) ve ölüm (VUK. 372 Md.)'dür.
VUK.'nun 371. Maddesinde beyana dayanan vergilerde (emlak vergisi hariç) herhangi bir şekilde vergi ziyaına neden olacak şekilde vergi kanunlarını ihlal eden (360. Maddede yazılı iştirak şeklinde yapılanlar dahil) mükelleflerden, bu maddede belirlenen kayıt ve koşullarla yasaya aykırı davranışını, ilgili makamlara kendiliğinden dilekçe ile haber verenlere vergi ziyaı suçu için öngörülen ceza kesilmeyeceği ve kaçakçılık veya iştirak suçu işleyenlerin de bu hükümden yararlanabileceği öngörülmüştür.
Pişmanlık hükümlerinden yararlanılabilmesi için,
-Vergi ziyaına neden olunan eylemin beyana dayanan bir vergiyle ilgili olması,
-Vergi ziyaının meydana gelmiş olması,
-Mükellefin (kaçakçılık veya iştirak suçunu işleyenlerin) vergi ziyaına neden olan fiilini dilekçe ile ilgili makamlara bildirmiş olması,
-Mükellefin dilekçesinden önce başka birisi tarafından ihbarda bulunulmamış olması,
-Dilekçenin mükellef hakkında vergi incelemesine başlanılmasından veya olayın takdir komisyonuna intikal ettirilmesinden önce verilmiş olması,
-Dilekçenin verildiği tarihten itibaren 15 gün içinde beyannamenin verilmesi veya eksikliklerin giderilmesi, vergi ve pişmanlık zammı ödenmiş olmalıdır.
VUK.'nun 360. Maddesinde düzenlenen iştirak suçlarıyla ilgili olarak da pişmanlık talebinde bulunanların yukarıda belirtilen koşulların tamamını yerine getirmeleri halinde pişmanlık hükümlerinden yararlanmaları mümkündür. Pişmanlık talebi usulsüzlük ve özel usulsüzlük cezalarının kesilmesini engellemez. Pişmanlık ve ıslah talebi üzerine kesilemiyecek olan cezalar 1.1.1999 tarihinden önceki vergilendirme dönemleri için kaçakçılık, ağır kusur ve kusur cezası, bu tarihten itibaren (4369 sayılı Yasayla yapılan değişiklik uyarınca) başlayan vergilendirme dönemleri bakımından ise vergi ziyaı cezasıdır.
Pişmanlık talebinde bulunan mükellefin zamanında ödemediği vergilerin yanı sıra ödemek zorunda olduğu pişmanlık zammı adı verilen faiz, ödeme süresi geçmiş vergi üzerinden ödemenin geciktiği her ay ve kesri için 6183 sayılı kanunun 51. maddesinde belirtilen gecikme zammı oranında hesaplanmaktadır. Pişmanlık zammının hesaplanma usulüne ilişkin açıklamalara 169 Sıra No'lu VUK. Genel Tebliğinde yer verilmiştir.
VUK.'nun 4369 sayılı Kanunla değişik 376. Maddesine göre; "İkmalen, re'sen veya idarece tarh edilen vergi veya vergi farkını ve aşağıda gösterilen indirimlerden arta kalan vergi ziyaı, usulsüzlük ve özel usulsüzlük cezalarını mükellef veya vergi sorumlusu ihbarnamelerin tebliğ tarihinden itibaren otuz gün içinde ilgili vergi dairesine başvurarak vadesinde veya 6183 sayılı kanunda belirtilen türden teminat göstererek vadenin bitmesinden itibaren üç ay içinde ödeyeceğini bildirirse; 1 .Vergi ziyaı cezasında birinci defada yarısı, müteakiben kesilenlerde üçte biri, 2.Usulsüzlük veya özel usulsüzlük cezalarının üçte biri, indirilir. Mükellef veya vergi sorumlusu ödeyeceğini bildirdiği vergi ve vergi cezasını yukarıda yazılı süre içinde ödemez veya dava konusu yaparsa bu madde hükmünden faydalandırılmaz.
Yukarıdaki hükümler vergi aslına tabi olmaksızın kesilen usulsüzlük cezalan hakkında da uygulanır."
Yasa koyucu belirli koşullarla cezada indirimi öngören bu hükümle mükellefin vergi sistemi içinde kalmasını ve uyuşmazlık sayısının azaltılarak vergi dairelerinin daha verimli çalışmasını amaçlamıştır.
Yasadaki düzenlemeye göre cezalarda indirimin kapsamına;
-Vergi ziyaı cezası (1.1.1999 tarihinden önceki vergilendirme dönemleri bakımından kaçakçılık, ağır kusur ve kusur cezalan)
-Birinci ve ikinci derecede usulsüzlük cezaları
-VUK. 353, 355, mükerrer 355 ve 356. maddeleri uyannca kesilen özel usulsüzlük cezalan girmektedir. Vergi aslına bağlı olmayan usulsüzlük cezaları ile tekerrür nedeniyle artırılarak kesilen cezalar da cezalarda indirim kapsamına girer. Ancak, hürriyeti bağlayıcı cezadan çevrilen para cezası ve işyerinin kapatılması cezasından çevrilen para cezası için indirim talebinde bulunulamaz.
Tüzel kişilerde tüzel kişiliği temsile yetkili bulunan kişinin, kollektif ve adî komandit şirketlerde herbir ortağın, adî ortaklıklarda ortaklardan birisinin, küçükler ve kısıtlılar bakımından ceza muhatabı sayılan veli, vasi veya kayyımların, tüzel kişiliği bulunmayan Vakıflar ve cemaatler gibi teşekküllerde bunların idarecileri veya varsa temsilcilerinin indirim talebinde bulunmaları gerekir.
Vergi Usul Kanununun Ek-9'ncu ve Uzlaşma Yönetmeliğinin 14. maddeleri uyarınca (süresi geçmemiş olmak koşuluyla) uzlaşma tutanağı imzalanıncaya kadar mükellef uzlaşma talebinden vazgeçerek VUK.nun 376. maddesi hükmünden yararlanma isteminde bulunabilir. Tarhiyata karşı dava açan mükellef de 30 gün içinde davasından vazgeçip cezada indirme talebinde bulunabilir.
"Yanılma" başlıklı VUK.'nun 369. maddesi uyarınca aşağıda yazılı hallerde vergi cezası kesilmez:
"1.Yetkili makamların mükellefin kendisine yazı ile yanlış izahat vermiş olmaları;
2.Bir hükmün uygulanma tarzı hususunda yetkili makamların görüş ve kanaatini değiştirmiş veya bu hükme ait bir içtihadın değişmiş olması."
Bu şartlardan birinin gerçekleşmesi ceza kesilmesini engeller. Ancak bu hususlar yasa metninde sayma yöntemiyle belirlendiğinden kıyas yoluyla genişletilemez. Mükellefin yanılma hükmünden yararlanabilmesi için idarece yanlış görüş verilen yazının doğrudan mükellefe verilmesi ve yazıda verilen cezanın mükellefe yapılacak ilave tarhiyatla ilgili olması gerekir.
Mükellefe yazıyla yanlış izahat (bilgi) veren yetkili makam, tabirinden, mükellefin vergi uygulamaları konusunda kendisine cevap vermeye yetkili makamlar anlaşılır. VUK.'nun 413. maddesine göre;
"Mükellefler, Maliye Bakanlığından veya Maliye Bakanlığının bu hususta yetkili kıldığı makamlardan vergi durumları ve vergi uygulanması bakımından müphem ve tereddütü mucip gördükleri hususlar hakkında izahat isteyebilirler.
Yetkili makamlar yazı ile istenecek izahatı en kısa bir zamanda cevaplamak mecburiyetindedirler.
Alacaktan cevaplara göre hareket eden mükelleflerin bu hareketleri cezayı istilzam etse dahi ceza kesilmez."
Yetkili makam olarak merkezde Gelirler Genel Müdürlüğü taşrada Defterdarlıklar (gelir müdürlükleri ve vergi dairesi başkanlığı bulunan yerlerde ayrıca bu başkanlıklar) anlaşılır.
Yetkili makamların görüş değiştirmesi, Vergi kanunlarının uygulanması ile ilgili olarak mükellefin yanıltılması anlamına gelir. Ancak yanılmadan söz edilebilmesi için birbiriyle çelişkili her iki görüşünde yazılı olması gerekir.
Yargı organlarının daha önce verdikleri ve uygulamada yerleşik duruma gelen kararlarını daha sonra değiştirmeleri halinde de mükellefe ceza kesilmez. Ancak yanılma durumunda sadece ceza kesilmeyeceği yasada öngörüldüğünden, yanılmanın varlığı halinde de gecikme faizi uygulanmasını engelleyen bir hüküm bulunmamaktadır.
VUK'nun "Mücbir Sebepler" başlıklı 373. maddesi hükmüne göre;
"Bu Kanunda yazılı mücbir sebeplerden herhangi birinin vukua geldiği malum ise veya tevsik ve ispat olunursa vergi cezası kesilmez."
Yasa koyucu mücbir sebeplerden herhangi birinin meydana geldiği bilinen bir durum ise veya belgelendirilirse ve ispat olunursa bu durumda mükellefe vergi cezası kesilmeyeceğini öngörmüştür. Ayrıca mücbir sebepler sona erinceye kadar mükelleflerin ödevleri ertelenmekte ve tarh zamanaşımı da ertelenen süre kadar uzamaktadır.
VUK.'nun 13. maddesinde sayılan mücbir nedenler şunlardır;
1-Vergi ödevlerinden herhangi birinin yerine getirilmesine engel olacak derecede ağır kaza, ağır hastalık ve tutukluluk;
2-Vergi ödevlerinin yerine getirilmesine engel olacak yangın, yer sarsıntısı ve su basması gibi afetler;
4.Sahibinin iradesi dışındaki sebepler dolayısıyla defter ve vesikalarının elinden çıkmış bulunması,
gibi hallerdir."
Maddede sayılan ve benzeri durumlar mücbir neden sayılmaktadır. Ağır kaza ve ağır hastalık hallerinin mükellefin vergi ödevlerini yapmasını engelleyecek derecede olması gerekir. Ağır kaza ve ağır hastalığın ilgili hastaneden alınacak raporla belgelenmesi gerekir.
Tutukluluk hali 1. bentte mücbir neden olarak sayılmıştır. Yangın, yer sarsıntısı ve su basması doğal afetler olup sel, çığ düşmesi ve toprak kayması da bu kapsama girer. Ancak bu afetlerin vergi ödevlerinin yerine getirilmesine engel olması da gerekir.
Mecburi gaybubetlere, mükellefin askere alınması gibi iradi olmayan ve vergi ödevlerinin yerine getirilmesine engel olan hallerdir. Mükellefin yurt dışına çıkması, mücbir neden sayılmaz.
Hırsızlık, naşı ızrar gibi durumlar sahibinin iradesi dışında defter ve vesikalarının elinden çıkmasına neden olduğundan mücbir neden sayılır. Ancak bu durumun TTK. açısından mahkemeden "zayi belgesi" alınarak belgelendirilmesi gerekir. VUK.'nun 115. maddesinde sayılan don, kuraklık, muzır hayvan istilası gibi doğal afetler, vergi ödevinin yerine getirilmesini engellemediğinden mücbir neden sayılmaz. Ayrıca, inceleme ve arama nedeniyle VUK.'nun 144'ilflcü maddesine göre mükellefin defter ve belgelerinin muhafaza altına alınması süresi gelmiş vergi ödevlerinin yerine getirilmesine engel değildir.
Mücbir neden kabul edilen durumlarda vergi ödevlerine ilişkin süreler mücbir nedenin devam ettiği süre kadar uzar ve vergi ödevleri ile ilgili süreler durur. Mücbir nedenler, mükellefler, sorumlular ve kanuni temsilciler için geçerlidir. Tüzel kişilerde birden fazla kanuni temsilci bulunması halinde bunlardan biri için geçerli olan mücbir sebep, vergi ödevini diğer temsilcinin yerine getirmesi mümkün olduğu takdirde, tüzelkişilik bu nedene dayanamaz. Ancak müştereken imza yetkisi bulunan temsilcilerden biri için geçerli mücbir neden tüzel kişilik için geçerli sayılır. '
Mükellefin vergi yasalarına aykırı eyleminde birden fazla suç oluşması, tek fiil ile birden fazla vergi ziyaı meydana gelmesi veya tek fiil ile aynı vergi açısından birden fazla suç işlenmesi mümkündür.
VUK.'nun 4369 sayılı Kanunla değişik 335. maddesinde tek fiil ile muhtelif vergi ziyama neden olunması hali öngörülmüştür. Buna göre;
"Vergi ziyaı cezasında cezayı istilzam eden tek bir fiil ile başka neviden birkaç vergi ziyaa uğramış olursa her vergi bakımından ayrı ayrı ceza kesilir."
1.1.1999 tarihinden önceki dönemlerde tek fiil ile birden fazla vergi ziyaı halinde (kaçakçılık, ağır kusur ve kusur) cezası kesilir.
Cezayı gerektiren tek fiile vergi ziyaı suçu (1.1.1999 tarihinden önceki dönemlerde kaçakçılık, ağır kusur ve kusur) ve usulsüzlük birlikte işlenmiş olursa bunlara ilişkin cezalardan miktar itibariyle ağır olanı kesilir.
Bu durumu düzenleyen VUK.'nun 336. maddesinde;
"Cezayı istilzam eden tek bir fiil ile vergi ziyaı ve usulsüzlük birlikte işlenmiş olursa bunlara ait cezalardan sadece miktar itibariyle en ağırı kesilir.
Usulsüzlük cezası kesilen bir fiil ile vergi ziyama da sebebiyet verildiği sonradan anlaşıldığı takdirde, evvelce usulsüzlük cezası kesilmiş olması, bu cezanın ziyaa uğratılan vergiden dolayı kesilmesi gereken vergi ziyaı cezası ile mukayesesine ve noksan kesilen cezanın ikmaline mani değildir."
Ancak, özel usulsüzlük cezasını gerektiren fiillerle vergi ziyama da neden olunmuşsa VUK.'nun 353. maddesi uyarınca her iki ceza ayrı ayrı kesilir.
VUK.'nun 337. maddesine göre;
"Ayrı ayrı yapılmış olan vergi ziyaı veya usulsüzlükten dolayı ayrı ayrı ceza kesilir. Şu kadar ki 352 nci maddede yazılı usulsüzlüklerden aynı takvim yılı içinde aynı neviden birden fazla yapıldığı takdirde birden fazlasının herbiri için, birincisine ait cezanın dörtte biri kesilir.
Aynı nev'i usulsüzlükten maksat, fiillerin 352'nci maddede gösterilen derece ve fıkralar itibariyle yekdiğerine mutabakatıdır."
Bu itibarla, ayrı ayrı yapılan fiiller nedeniyle vergi ziyaı (1.1.1999 tarihinden önceki dönemlerde kaçakçılık ağır kusur ve kusur) veya usulsüzlükten dolayı ayrı ayrı ceza kesilir. 1.1.1999 tarihinden önceki dönemler için o dönemde yürürlükte olan kaçakçılık, ağır kusur veya kusur cezalarından birisi ve usulsüzlük cezası kesilir, örneğin beyannamelerin verilmesi aynı neviden fiil sayılır.
VUK.'nun 4369 sayılı yasayla değişik 340. maddesine göre;
"Bu Kanunda yazılı vergi ziyaı cezası ve usulsüzlük cezaları ile 359'uncu maddede ve diğer kanunlarda yazılı cezalar; içtima ve tekerrür hükümleri bakımından birleştirilemez.
Bu Kanunla vergi cezasıyla cezalandırılan fiiller, aynı zamanda 359'uncu maddeye göre suç teşkil ettiği takdirde vergi cezası kesilmesi sözkonusu madde hükmüne göre takibat yapılmasına engel olmaz."
Maddenin açık hükmüne göre, örneğin kaçakçılık suçunu işleyen failin eyleminin aynı zamanda vergi ziyaı cezası ve usulsüzlük cezasını da gerektirdiği takdirde bunların içtima ve tekerrür hükümleri bakımından birleştirilmeleri mümkün değildir. Yani, idari nitelikteki cezanın uygulanması, hürriyeti bağlayıcı ceza için kovuşturma yapılmasına engel olmaz. Failin eyleminin diğer özel yasalarda düzenlenen (örneğin, Sermaye Piyasası Kanununda öngörülen bir suçu) oluşturması kaçakçılık suçundan dolayı VUK'nun 359. maddesinin uygulanmasına engel teşkil etmez.
Vergi Usul Hukukunda tekerrür; fiile ilişkin cezanın kesinleşmesinden sonra tekrar işlenmesi halinde cezanın artırılarak uygulanmasıdır. VUK.'nun 339. maddesinde düzenlenen tekerrür vergi idaresi tarafından cezalandırılan vergi zıyaı veya usulsüzlük cezaları için sözkonusudur. Adlî nitelikteki (ceza mahkemelerince hürriyeti bağlayıcı cezalarla cezalandırılan) suçlar bakımından tekerrür TCK.'nun 81-88. maddeleri hükümleri çerçevesinde belirlenir.
VUK.'nun 339. maddesine göre;
"Vergi ziyaına sebebiyet vermekten veya usulsüzlükten dolayı ceza kesilen ve cezası kesinleşenlere, cezanın kesinleştiği tarihi takip eden yılın başından başlamak üzere vergi ziyamda beş, usulsüzlükte iki yıl içinde tekrar ceza kesilmesi durumunda, vergi ziyaı cezası yüzde elli, usulsüzlük cezası yüzde yirmibeş oranında artırılmak suretiyle uygulanır."
VUK.'nun 372. maddesine göre "ölüm halinde vergi cezası düşer."
Bu itibarla, ölen kişinin vergi kanunlarına aykırı hareketinin gerektirdiği (suçlarla ilgili) cezalar düşmektedir. Ortaklıklar adına kesilecek cezalarda ortaklardan birinin ölümü halinde ölen ortağın payına isabet eden ceza düşer. Ancak kollektif ve adî komandit ortaklıklarda gelir vergisi bakımından geçerli olan bu durum katma değer ve gelir tevkifatı açısından uygulanmaz.
Sermaye şirketleri ve diğer kurumlar vergisi mükellefi (Limited, Anonim şirketlerde) ceza tüzel kişilik adına kesildiğinden ortaklardan birinin veya birkaçının ölümü cezayı düşürmez.
Kaçakçılık ve iştirak ile VUK.'da düzenlenen ve hürriyeti bağlayıcı cezayı gerektiren suç ve cezalar bakımından TCK.'nun 96. maddesi uygulanır ve yargılama sırasında failin ölümü halinde kamu davası ortadan kaldırılır. Eğer ceza verilmiş ise ceza mahkumiyeti ve henüz icra edilmemiş para cezası hükümleri de bütün sonuçlarıyla birlikte ortadan kalkar.